S'ils sont utiles à la vie à faibles doses, les fluorures sont toxiques à de plus fortes concentrations. Chez l'homme, le fluor inhibe certaines enzymes essentielles et le transport intracellulaire du glucose. Le fluor retenu dans l'organisme est principalement stocké dans les os et dans les dents. Il peut provoquer des lésions de type ostéoporose, avec une limitation des fonctions articulaires. Enfin, l'ingestion de quantités excessives de fluor chez l'enfant pendant la période de développement des dents entraîne, sur celles-ci, l'apparition de dents marbrées.
Les fluorures peuvent non seulement avoir des conséquences sur la végétation, mais également sur les objets inorganiques (corrosion, vitres attaquées, …).
Les concentrations en fluorures dans l'air tournent aux alentours de 0.0015 µg/m³, mais peuvent atteindre plus de 4 µg/m³ dans les zones fortement polluées.