Le bon fonctionnement des écosystèmes souterrains, leur protection durable et la définition d'une politique d'accès et de gestion adaptée dans les CSIS, nécessitent la mise en place d'une approche pluridisciplinaire.
La gestion consensuelle concernant les travaux, les fermetures, les accès mais aussi l'organisation et la planification des recherches doit permettre une cohabitation entre chercheurs de disciplines différentes. Elle constitue un des enjeux importants des Comités de gestion des CSIS. Il s'agit là d'une condition essentielle au bon fonctionnement de ce statut. Elle doit permettre dans l'avenir de promouvoir une recherche coordonnée durable et respectueuse des caractéristiques spécifiques du milieu souterrain dans ces cavités.
La mise en commun des données et relevés scientifiques réalisés dans les CSIS est un des objectifs de la partie dynamique et participative (organisée en base de données) du site Internet sur les CSIS. Basé sur une interface de consultation et d'encodage convivial et sécurisé, il permet aux personnes autorisées de consulter toutes les informations mises en ligne sur la cavité en question, mais aussi d'y joindre le résultat de leurs investigations et de contribuer ainsi à la construction d'un savoir collectif sur les CSIS.
Etant donné la multiplicité des acteurs concernés, un Comité de Gestion type peut se composer de la manière suivante:
La composition du Comité de Gestion est proposée à la Direction de la Nature par l'initiateur du dossier et est envoyée à la Direction des services extérieurs de la DNF compétente pour avis et remarques.