Dans le Nou Maulin des relevés anciens mentionnent la présence de 6 espèces différentes de chiroptères. Depuis quelques années les relevés annuels ont repris dans le site ce qui permettra à terme d'avoir un suivi des populations.
La cavité a fait l’objet de relevés biologiques réguliers depuis près d’un siècle notamment au niveau de la faune cavernicole. La grotte fonctionne comme une perte partielle de la Lomme (en période de hautes eaux), ce qui lui assure des apports importants en ressources alimentaires. Par ailleurs, les trois niveaux présentent des conditions très différentes d’humidité offrant des microhabitats variés très favorables à une biodiversité élevée.
Les invertébrés qui ont été identifiés dans la cavité varient fortement suivant les périodes. En période de crue, ou on y retrouve de très nombreux hôtes accidentels; lors des périodes plus sèches se sont les troglophiles qui dominent (voir relevés réalisés par Leruth et Schubart).
Le site du Nou Maulin, avec son important porche est l’un des plus impressionnant de toute la vallée de la Lomme. Morphologiquement, cette cavité disposée en damier est un bel exemple de l’utilisation du pendage, des joints de stratification et des diaclases par l’eau pour y creuser les galeries. Les salles les plus en aval (Gruyère 1& 2) font encore l'objet de recherches spéléologiques pour tenter de percer de nouveaux prolongements.
Le Nou Maulin est un phénomène hydrogéologique majeur en Wallonie, de par l’importance de la perte et la circulation souterraine qu’elle alimente. Cette circulation d'eau doit encore être étudiée avec plus de précision pour mieux comprendre la genèse et le fonctionnement de tout le système karstique situé entre Rochefort et Eprave. Les formes de corrosion, liées en partie au régime périodique des eaux qui parcourent cette cavité, y sont particulièrement bien développées (cupules, stries, coups de gouges...).
Du point de vue morphologique et hydrologique, le Nou Maulin offre un cadre assez exceptionnel du point de vue pédagogique. C'est dans cette optique qu'a été développé par la Commission Scientifique de l'UBS un parcours didactique dans la cavité permettant de sensibiliser et d'informer les spéléologues aux sciences de la terre, à l'hydrologie et à la fragilité de ce milieu.