Depuis 1958 (début des fouilles) de nombreux chiroptères ont pu être observés dans ce site (relevés IRScNB).
Depuis 1970 (fin de la campagne de fouilles archéologiques), cette petite cavité continue à faire l'objet de trop nombreuses visites qui perturbent les chauves-souris.
La protection de la cavité et la gestion de son accès doivent être définies pour préserver et accroître l'attractivité de ce site vis-à-vis des chiroptères.
Le site offre en effet des conditions très favorables à une recolonisation par les chiroptères qui trouvent à Waerimont à la fois un milieu d'hivernage (les différentes cavités), un milieu forestier (terrain de "chasse") et la présence de la rivière en contrebas assurant une humidité constante et un milieu favorable pour le développement des insectes.
Depuis l'hiver 1993 la cavité fait l'objet d'un suivi annuel réalisé par le Groupe Plecotus. Ces observations ont permis d'y recenser 10 espèces différentes de chiroptères. Les effectifs ont d'ailleurs tendance à augmenter au cours du temps semblant indiquer que l'état général de la cavité comme gîte est en voie d'amélioration.
Après les premières découvertes d'ossements lors des prospections spéléologiques dans la cavité, un véritable programme de recherche archéologique s'est mis en place à Waerimont.
Les fouilles, dirigées par les professeurs Twiesselmann & Marien débutèrent en 1956 pour se terminer en 1970. Elles ont mis à jour des vestiges d'occupations humaines, des objets (dont des bijoux) et de nombreux squelettes appartenant aux âges néolithique, du bronze et du fer.
Ces différents vestiges, dont certains dans un état de conservation remarquable, ont permis d'étudier, d'interpréter et de comparer les modes de vie (et en particulier les rites funéraires) aux diverses époques d'occupation de la cavité.
Les perspectives et possibilités de nouvelles découvertes archéologiques dans la cavité semblent relativement faibles vu l'intensité des fouilles qui y ont été réalisées. Cependant, si des nouveaux prolongements sont découverts dans la cavité, il serait utile d'y effectuer un sondage archéologique préalable.
Le Trou de l'Ambre est considéré comme un site de référence qui doit être protégé en tant que tel. De nombreuses études sur d'autres sites se basent sur les relevés et recherches réalisés à Waerimont pour pouvoir interpréter et comparer les résultats.