Le Trou des Blaireaux fait l'objet depuis quelques années d'un suivi régulier et d'un inventaire des populations de chauves-souris. La configuration de la cavité (formée de 2 galeries diaclasées), le bon état de conservation (aucune pollution et la galerie n'est quasi jamais visitée) et son degré d'hygrométrie stable sont des éléments favorables à l'attraction des chauves-souris. La zone étant assez pauvre en sites souterrains naturels pouvant servir de gîte d'hivernage, cette grotte peut jouer un rôle intéressant dans la conservation des chiroptères si sa potentialité se vérifie.
Les argiles qui recouvrent le plancher de la cavité ont fait l'objet de prélèvements en mai 1999 pour en étudier leur contenu biologique. Ceux-ci se caractérisent par une microfaune assez abondante où dominent les collemboles et plusieurs espèces d'acariens (recherches de X. Ducarme, UCL). Vu l'intérêt de ces prélèvements le Laboratoire d'Ecologie et de Biogéographie de l'UCL a décidé de faire de ce site une station d'étude et de suivi de la microfaune souterraine des argiles pour les prochaines années.
Sur la terrasse précédant l'entrée principale de la cavité contre la paroi calcaire, les fouilles de 1904 ont mis à jour une sépulture néolithique composée d'ossements d'au moins 13 inhumations. Cette sépulture se trouvait à +/- 50cm de profondeur et était recouverte par de gros blocs de pierre.
Simultanément, fut découverte à ce même endroit, une quantité très importante d'artéfacts comportant des éclats et lames polies de silex, une pointe de flèche losangique, quelques haches polies dont une en bois de cerf et de nombreux fragments de céramiques parmi lesquels un vase presque complet (pièce unique en Belgique).
La fouille exhaustive du niveau néolithique fut complétée par un sondage pratiqué devant l'entrée de la grotte sur une profondeur de 3,5m. Cette tranchée qui est encore visible aujourd'hui révéla l'existence sous le néolithique de deux niveaux d'occupation paléolithique qui livrèrent une vingtaine de silex et de très nombreux fragments de bois de rennes.
Plusieurs autres campagnes de fouilles furent organisées devant et dans la cavité en 1947, en 1950 et en 1962. Ces recherches complémentaires permirent de découvrir des traces de foyer dans la salle du fond de la grotte. En 1963 les recherches se focalisèrent à nouveau sur la terrasse où le creusement d'une nouvelle tranchée d'exploration livra quelques restes humains, plusieurs fragments de céramiques ainsi que des ossements d'animaux.
En 1981, le Centre d'Etude et de Documentation Archéologique de Viroinval (en collaboration avec le Centre Paul Brien) a mené des recherches tout le long de la petite falaise calcaire dans laquelle s'ouvre la cavité. Ces recherches ont permis de retrouver et de préciser la stratigraphie décrite au début du siècle (lors des fouilles de 1904) et d'étudier les couches paléolithiques encore intactes.
Suite à ces nouvelles fouilles les archéologues du centre Paul Brien déclaraient : "Le Trou des Blaireaux se présente comme l'un des sites les plus intéressants en ce qui concerne l'étude de l'environnement de la fin du Pléistocène et du début de l'Holocène. Cet intérêt dépasse d'ailleurs le cadre régional dans la mesure où c'est actuellement le seul gisement en Belgique où le Dryas a pu être défini à la fois sur le plan paléontologique, palynologique, sédimentologique et archéologique..."