Les relevés précis concernant la présence de chiroptères dans cette cavité sont rares, même si depuis quelques années un inventaire y est réalisé régulièrement.
La vaste salle d’entrée, sa disposition descendante et l’humidité constante et élevée assurée dans la cavité par les précipitations et la présence d’un ruisseau souterrain sont des éléments micro-climatiques favorables à certaines espèces de chiroptères. En hiver cette cavité fonctionne comme un piège à froid (il gèle fréquemment dans la grande salle) ce qui est moins favorable pour l’hivernage des chiroptères.
D’autres cavités plus classiques situées dans le Fond des Vaulx, offrent par contre de meilleures conditions comme site d'hivernage.
Les observations biospéléologiques réalisées au Trotti-aux-Fosses, sont anciennes (R. Leruth 1933 à 1939) et se limitent à la salle d’entrée. Elles révèlent la présence d’une faune typique et relativement abondante des avens et des abîmes. Des phénomènes de l’ampleur du Trotti-aux-Fosses sont rares en Wallonie, la cavité peut donc servir de site de référence en matière d’étude de la faune des effondrements. Les espèces d'invertébrés qui s’y observent ne sont pas toutes inféodées au milieu souterrain ; elles peuvent y être tombées accidentellement ou y trouver un écosystème convenant à leur croissance. Par rapport à d’autres milieux souterrains, les avens se caractérisent par de plus grandes fluctuations microclimatiques et de lumière ainsi que par un approvisionnement en nourriture plus important. Une nouvelle évaluation biologique de la cavité devrait être réalisée pour mesurer l’évolution de son contenu et proposer un programme de suivi de populations.
Le nouveau réseau découvert dans la grotte en 1996 et situé à l’aplomb de la dépression « Caboleu dol’Grosse Biesse », est indépendant des fluctuations climatiques de surface. Il ne présente pas d’hôtes accidentels des grottes, mais il draine grâce aux eaux d’infiltration dans les fissures de son plafond une quantité importante de nutriments qui offrent, aux invertébrés qui le colonisent, de ressources alimentaires importantes.
Par ailleurs, la présence à la base de cette cavité, d’eau courante et stagnante permanente (suintements, rivière souterraine, siphon, flaques et le « lac terminal » appelé « piscine » par les découvreurs) lui confère une grande valeur biologique potentielle au niveau de la faune aquatique souterraine.
Cette cavité s’est formée au détriment du calcaire givétien. Les bancs calcaires fort redressés en cet endroit (très visibles au site des « Tartines » situées à +/- 200m de la cavité) et les diaclases perpendiculaires ont favorisé le travail de l’eau et le débitage de la grotte par pans verticaux. La géomorphologie générale du massif a influencé fortement la disposition et la forme de cette cavité. Le calcaire est interrompu par certains niveaux de schiste qui par leur comportement différent du point de vue des eaux (pas solubles et imperméables) et leur sensibilité au gel, délimitent des pans de roches subissant des contraintes karstiques différentes.
La grotte dans sa première salle est caractérisée par la domination des phénomènes d’érosion mécanique (mis en évidence par C. Ek en 1969). Par contre, dans le nouveau réseau, on observe un concrétionnement dans un état de conservation exceptionnel grâce à l’isolement de ce milieu du fait de son siphon et de la très grande précaution du club découvreur. Les spéléothèmes ont des teintes rouges riches en fer, ou blanches très pures (calcite précipitée récemment). Des écoulements d’eau différents sont à l’origine de cette variété, ainsi que le sol très fissuré de la doline la surplombant où l’eau se charge en minéraux responsables de la pigmentation.
Enfin, cette cavité d’orientation verticale correspond à une coupe naturelle dans les différents étages géologiques du Dévonien. Pour la mise à jour de la carte géologique de Wallonie ces renseignements peuvent s'avérer précieux.