Plusieurs espèces de chauves-souris ont pu être observées dans les galerie du Trou du Chantoir des Nutons par le passé (observation ancienne dans les années 70 et 80). Par la suite, ces relevés ont été interrompus et un suivi plus systématique devrait y être repris.
En 2005 un premier relevé partiel a été refait par Plecotus et la CWEPSS.
Peu d’observations dans cette partie du réseau. Potentiellement, ce conduit offre des conditions intéressantes pour la conservation et l’étude du biotope souterrain : la juxtaposition de zones avec écoulement rapide et variable en fonction des crues et des étendues d’eaux stagnantes ainsi qu’une eau riche en nutriments provenant directement de la rivière (fort chargée) et celle de percolation (beaucoup plus filtrée) offrent les conditions d’une diversité d'habitats, propice à une biodiversité potentiellement élevée.
La morphologie de cette partie du réseau pourrait expliquer en partie les temps de passages très lents de la Lesse souterraine dans tout le système de Furfooz, ainsi que la présence d’une nappe profonde qui a été plongée au Puits des Vaulx.
Concrétions rares, d’une grande beauté, parois couvertes de Mondmilch (salle polaire).
Le Trou du chantoir des Nutons offre un accès à la Lesse souterraine juste après sa perte et la possibilité d’étudier un réseau et des relations hydrologiques très complexes à l’origine de phénomènes karstiques importants.