Le puits donne accès à une importante vasque d’eau. Il s’agit d’un biotope aquatique très riche, en connexion avec la Lesse souterraine. Cette vasque présente la particularité d’avoir une petite partie à l’air libre et le reste en souterrain. Des relevés biologiques y ont été réalisés, permettant notamment de capturer plusieurs espèces de poissons (en connexion probable avec la Lesse) ainsi qu’une faune aquatique pouvant bénéficier de ce milieu particulier aux eaux à température constante, à la fois riche en nutriments et présentant une partie tout à fait souterraine et à l’abri de la lumière.
Dans les conduits karstiques, qui percent la paroi de l’effondrement, les spéléologues ont pu observer des populations de chiroptères qui bénéficient dans ces niches d’un effet de régulation hydrique et thermique très favorable grâce à la présence de la vasque d’eau.
Enfin la paroi rocheuse quasi verticale du puits des Vaulx, orientée plein sud, est colonisée par une végétation calcicole et constitue une station écologique intéressante pour l’étude de la végétation d’un écosystème de type méditerranéen.
Le Puits des Vaulx est un effondrement de dimension assez exceptionnel en Wallonie, causé par la dissolution des calcaires sous-jacents au contact de la Lesse souterraine et par l’important réseau de failles et d’accidents tectoniques qui ont fragilisé la roche. L’étude de la genèse de ces phénomènes et les prolongements qui peuvent encore y être découverts justifient que ce site reçoive un statut de protection.
Le Puits des Vaulx offre un accès unique à la Lesse souterraine et la possibilité d’étudier un réseau et des relations hydrologiques très complexes à l’origine d’un ensemble de phénomènes karstiques importants.