La grotte qui se situe dans un site classé, offre les conditions pour être un site d'hivernage potentiel très intéressant pour les chiroptères. La situation géographique de cette cavité, dans une région où les grottes sont rares et souvent dans un environnement bâti et perturbé, fait de cette grotte un site d'hivernage potentiel d'importance pour toute la zone à proximité de Gerpinnes et pour le massif boisé en particulier.
Les observations chiroptérologiques réalisées dès 1958 et les relevés plus récents (2002), ont permis de confirmer la présence de plusieurs espèces dont certaines figurent à l'annexe II de la Directive Habitat.
Cet ensemble karstique est situé dans un milieu forestier protégé (site classé) dont le grand intérêt biologique a été reconnu (site ISIWAL). Les aménagements en vue de protéger les cavités et une meilleure gestion de l'accès à celui-ci ne pourront être que profitables au maintien de cet écosystème riche pour la faune locale.
Le Trou des Sarrassins comprend 4 entrées distinctes et étagées sur le flanc droit du vallon de Borgnery.
Dans certaines des galeries, de très belles formes érosives (coups de gouges, marmites...) sont visibles sur les parois.
Enfin, la grotte se caractérise par des sédiments et des matériaux de remplissage qui peuvent être mis en parallèle avec différentes étapes de l'évolution hydrographique de la région. Cette évolution se retrouve d'ailleurs dans l'enfoncement progressif (étagement) du niveau des résurgences.
Anciennement cette cavité était joliment concrétionnée. Hélas, ce concrétionnement a été fort abîmé lors de certaines visites et il ne subsiste que quelques stalagtites massives et noircies.
La cavité a fait l'objet de fouilles partielles ayant permis de relever des vestiges mésolithiques (premier crâne mésolithique découvert en Belgique) ainsi que de nombreux artefacts en os et en silex.
Le site présente encore un intéressant potentiel de découvertes archéologiques; même si les fouilles sauvages et la fréquentation anarchique qu'a subi la grotte ont dû fortement perturber les gisements.