Les relevés faunistiques anciens (certains remontant au début du 20e siècle) révèlent d’importantes colonies de chauves-souris dans le Trou Manto. La cavité offre par son réseau labyrinthique un ensemble d'habitats convenant particulièrement à certaines espèces.
Actuellement, les populations de chiroptères y sont beaucoup moins nombreuses car le site est perturbé par de trop nombreuses visites. La pose d'une nouvelle fermeture (mieux adaptée) et la mise en place d'une période (hivernale) durant laquelle les visites sont suspendues devraient permettre d'améliorer la situation.
Les relevés réguliers sur base annuelle ont repris dans le site depuis quelques années.
La faune souterraine étudiée par le passé a permis d’inventorier des espèces rares de crustacés stygobies.
Comme pour les chauves-souris, les relevés plus récents indiquent une érosion de la biodiversité et du nombre d'individus présents dans la cavité.
La grotte est formée dans le coeur d’un anticlinal. Les nombreuses failles et les lits de cherts superposés en cet endroit ont eu une incidence directe sur le développement et la morphologie du site. Leur observation et leur étude dans la grotte permettent de réunir des données géologiques sur toute la vallée de la Solière. Le fond de la grotte correspond au niveau actuel de la rivière. Il n’est pas interdit de penser que tout en étant fossile dans sa plus grande partie, cette cavité continuera à suivre l’enfouissement du réseau hydrographique.